آریا بانو - خاتمی در سال 1324 با پرویندخت خدیوی ازدواج کرد از وی یک دختر به نام صبریه داشت که از موارد مهم اختلاف خانوادگی او و فاطمه پهلوی همسر دوم خود بود.

ارتشبد محمد خاتمی فرمانده نیروی هوایی ایران (1354-1337) فرزند محمود خاتمی و خواهرزاده سیدحسن امامی (امام جمعه تهران) در سال 1297ش در شهر رشت به دنیا آمد. پس از تحصیلات ابتدائی، دوره متوسطه را در کالج آمریکایی (دبیرستان البرز) گذراند. در سال 1318 وارد اولین دوره رسته هوایی در دانشکده افسری شد و با درجه ستوان دومِ هوایی فارغ‌التحصیل گردید. سپس در سال 1323 برای تکمیل فن خلبانی به کشور انگلیس رفت. پس از بازگشت به ایران در سال 1325 خلبان مخصوص محمدرضا پهلوی و بعد به آجودانی وی منصوب گردید.
به گزارش پژوهشکده تاریخ معاصر، خاتمی در سال 1324 با پرویندخت خدیوی ازدواج کرد از وی یک دختر به نام صبریه داشت که از موارد مهم اختلاف خانوادگی او و فاطمه پهلوی همسر دوم خود بود.
ارتشبد محمد خاتمی دوره تکمیلی خلبانی با جت را در انگلیس و آلمان غربی و دوره ستاد هوایی را در سال 1330 در آمریکا با موفقیت به پایان رساند و به عنوان اولین خلبان جت و یکی از اعضای مؤسس تیم آکروجت نیروی هوایی ایران شناخته شد. او خلبانی هواپیمای محمدرضا پهلوی را در روز 25 مرداد سال 1332 (که بر اثر مخالفت مردم با وی از ایران گریخت و ابتدا به عراق و سپس به ایتالیا رفت) برعهده داشت. با بازگشت محمدرضا پهلوی به ایران، کار خاتمی رونق گرفت به درجه سرهنگی ارتقا یافت و فرمانده تیپ شکاری نیروی هوایی شد.

خاتمی در بدو ورود به نیروی هوایی مشاغل ” هنر آموزگاری، سرهنر آموزگاری“ خلبانی و فرمانده یگانهای شکاری را برعهده داشت و از فرماندهان مورد اعتماد شاه بود. او در سال 1336 در یک سانحه هوایی همسر اول خود را از دست داد و از این موقعیت استفاده نمود و به فاطمه پهلوی خواهر صلبی محمدرضا پهلوی پیشنهاد ازدواج داد که مورد موافقت شاه قرار گرفت، این وصلت در روز سی‌ام مرداد 1338 به وقوع پیوست، وی یکی از اعضای مؤثر خاندان پهلوی گردید و به سرعت مدارج ترقی نظامی را طی نمود و ارتشبد شد.
محمدرضا پهلوی در سال 1337 دست به تصفیه بزرگی در نیروی هوایی زد و کلیه امرا را بازنشسته و یا به واحد دیگر ارتش انتقال داد، تنها سرتیپی که باقی ماند خاتمی بود. او را فرمانده نیروی هوایی کرد اختیارات زیادی به وی تفویض نمود. او درجات نظامی را سریعاً طی نمود به افسران خارج از آیین‌نامه و مقررات درجه می‌داد و اکثر افسران و امرا از سرسپردگان وی بودند. همچنین اعتبارات سنگینی برای خرید هواپیما و تأسیس پایگاههای هوایی در اختیار گرفت و نیروی هوایی قدرتمندی تشکیل داد.
خاتمی مورد توجه فوق‌العاده مستشاران نظامی آمریکا بود به طوری که امریکاییها در یک طرح اضطراری او را کاندیدای جانشینی محمدرضا پهلوی کرده بودند، این طرح محرمانه به اطلاع شاه رسید و موجبات سوء ظن شاه نسبت به خاتمی را بیشتر ساخت.
از بررسی و مطالعه اوراق و اسناد شخصی خاتمی به مواردی از قبیل اختلافات خانوادگی وی با فاطمه پهلوی، دفترچه خاطرات دوره فرماندهی نیروی هوایی و ذکر مشکلات این نیرو، بی توجهی شاه به وی، کارشکنی‌های عبدالکریم ایادی و همچنین ناخشنودی محمدرضا پهلوی از خودسریهای وی و … می‌توان نام برد.
ارتشبد خاتمی علاوه بر فعالیت نظامی در بخشهای اقتصادی، تجاری و کشاورزی نیز فعال بود. و از سهامداران عمده شرکتهای بورت، سیمان شمال، سیمان فارس، بانک اعتبارات، بانک عمران و کارخانه قند کرج به شمار می‌رفت.
محمد خاتمی در 21 شهریور سال 1354 ضمن یک پرواز تفریحی با کایت (بال پرنده) در سد دز سقوط کرد و جان سپرد، در همان ایام گفته می‌شد سقوط او از کایت خواسته شاه بوده و به طور آشکار و پنهان در اذهان عمومی ارتشیان مخصوصاً پرسنل نیروی هوایی زبانزد بود و همه شاه را قاتل می‌دانستند، همچنین بعدها با انتشار کتاب یادداشتهای اسدالله علم (وزیر دربار) معلوم می‌شود که شاه نسبت به مرگ محمد خاتمی خود را چندان متأثر نشان نمی‌دهد و علم نیز خوشحالی خود را از اینکه این واقعه باعث شکستگی شاه نشده است، ابراز می‌دارد.
خاتمی از همسر خود فاطمه پهلوی دارای دو پسر به نامهای کامبیز متولد 1341 و رامین متولد 1346 می‌باشد.